Thành ủy yêu cầu cách chức giám đốc, phó giám đốc Cảng vụ, cho thôi việc toàn bộ kíp trực đêm 4/6. Việc "trảm tướng" phải hoàn thành và báo cáo Ban Thường vụ Thành ủy trước ngày 20/6.
Nhằm dẹp bỏ tình trạng tàu cá cải hoán thành tàu du lịch, Đà Nẵng cũng chỉ đạo ngành giao thông không cấp phép hoạt động cho các tàu du lịch được cải hoán từ tàu ngư dân, sớm cho phép tàu đóng mới đủ điều kiện tiếp tục hoạt động.
Thành ủy Đà Nẵng cũng giao Ủy ban kiểm tra Thành ủy căn cứ quy định hiện hành, làm rõ trách nhiệm của Giám đốc, Phó giám đốc phụ trách lĩnh vực của Sở Giao thông Vận tải, Sở Du lịch và các cán bộ thuộc diện Ban Thường vụ Thành ủy quản lý, đề xuất hình thức kỷ luật.
Tối 7/6, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TP Đà Nẵng đã khởi tố bị can, bắt giam ông Lê Công Chí, thuyền trưởng tàu Thảo Vân 2. Chủ tàu đang nằm viện nên chưa bị bắt.
Trước đó hôm 6/6, tại buổi làm việc với các sở, ngành, Chủ tịch TP Đà Nẵng Huỳnh Đức Thơ đã đình chỉ chức vụ Giám đốc Cảng vụ đường thủy nội địa Đà Nẵng và Đội trưởng Đội quản lý bến cảng vì "vô trách nhiệm, lơ là để tàu Thảo Vân 2 ra vào bến đón khách khi không được cấp phép".
Khoảng 20h30 tối 4/6, lái tàu Lê Công Chí cùng 2 nhân viên đã đưa 53 hành khách du ngoạn sông Hàn. Rời bến được 10 phút, tàu nghiêng bên trái và lật úp khiến 3 người tử vong.
Chính quyền Đà Nẵng xác định, nguyên nhân dẫn đến tàu chìm là chủ tàu không chấp hành các quy định về vận tải, tàu chở quá số người quy định.
Theo lãnh đạo thành phố, tai nạn sẽ không xảy ra nếu Cảng vụ thủy nội địa và Đội quản lý bến sông Hàn làm việc nghiêm túc. Ngày 2/6, cảnh sát thủy nội địa phát hiện tàu Thảo Vân 2 không đủ điều kiện vận tải khách nhưng vẫn đi lại trên sông, nên đề nghị Sở Giao thông Vận tải đưa lên bờ, giao cho biên phòng. Tuy nhiên, phía Cảng vụ đã không bắt giữ được phương tiện này.